故事的開頭如同《迷失》一樣,始於一架即將出事的飛機。在迫降之後飛機上所有人都死於一種神秘的病毒,FBI以及各方調查組介入調查。但這只是故事的開始,接下來FBI的女特工奧利弗-鄧哈姆(Olivia Dunham)和高智商天才彼得-畢舍普(Peter Bishop)將攜手面對一系列匪夷所思的可怕現象。為了阻止危機的進一步擴展,他們將尋求彼得早已疏遠的父親的幫助。而他的父親沃特-畢舍普博士(Dr。 Walter Bishop)則一直被精神病院所收留。出院之後,三個人組成的調查小組開始對各種離奇事件進行研究。