一道神秘的光芒從外太空出現，直射地球。光球飛行物經過的各個星球前線基地的通訊相繼中斷，光球飛行物迅速逼近地球，用攔截導彈進行回應，但沒有任何效果。導彈悠閑地降落在上面。然後，地球艦隊被沖向地球的大艦隊的突然襲擊而無奈地殲滅，地球很快就被製服了。 暗星團帝國要求查看大和號的行蹤，並揚言超大型導彈是重型核子炸彈，能夠摧毀地球介子質量，一舉殺死所有人類腦細胞。 大和號的船員們聚集在英雄之丘，前往小行星伊卡洛斯，響應森由紀帶給他們的地球防衛軍總司令的絕密命令。然而，森之在途中受傷，獨自留在地球。當一行人絕望地逃離地球並到達伊卡洛斯時，他們發現大和藏在那裏。 大和號船員發現重核子炸彈的爆炸控製裝置位於敵人的母星，於是踏上 40 萬光年的航行去阻止爆炸。
